Akcja gry dzieje się na spokojnej wyspie, którą zamieszkują biała czarodziejka Shirma, jej czarny odpowiednik Crome i magiczne ptaki Chocobo. Postacie te, chronieni przez 4 kryształy, żyją sobie w spokoju na owej wyspie, aż do czasu pojawienia się tajemniczek księgi. Przez jej nieuważne otwarcie na wyspę spada ogromne nieszczęście. Większość ptaków Chocobo zostaje zamieniona w stronice zaklętej księgi. Użytkownik zaś przybiera postać ocalonego ptaka i jego zadaniem jest uratować przyjaciół.