W Final Fantasy Crystal Chronicles: Echoes of Time wcielimy się w szesnastolatka, który w dniu urodzin dowiaduje się, że jego młodsza siostra Charlotta zapadła na tajemniczą chorobę. Owa choroba związana jest z kryształem, który dziewczynka znalazła na drodze. Odważny brat wyrusza więc w niebezpieczną podróż w celu zdobycia lekarstwa na przypadłość siostry.