'Miasto dusz' to powieść zbudowana na odwróceniu znanego z kryminałów schematu: w miejscu zbrodni zamiast ciała zostaje porzucona dusza. Dzięki 'Kodeksowi praskiemu', tajemniczej księdze sprzed wieków, ludzie opanowali technikę wydalania dusz. Pragną wieść życie bez metafizycznych obciążeń. Reakcją jest powstanie Policji Eschatologicznej - specjalnego zakonu mającego powstrzymać falę bezduszności. Brat Tymoteusz, młody funkcjonariusz, zaczyna mieć dziwne sny. Nie pamięta własnej przeszłości, nie zna nazwy miasta. Otrzymuje zadanie przeniknięcia w struktury bezdusznych. Wtedy rzeczywistość wokół niego zaczyna się kruszyć, konflikt narasta, sytuacja się komplikuje, podziały przestają być zrozumiałe - świat drży w posadach, a wszystko zmierza do kulminacji: Nocy Wolności zwanej też Bitwą o Dusze.